2020中国足协杯第二轮参赛球队为第一轮晋级的8支中超球队，以及2020中甲联赛前八名8支球队，共16支球队。
第二轮的比赛，将会在11月26日开战，决赛计划将于12月19日进行。上半区的比赛在苏州，下半区的比赛地点在常州。1/4决赛至决赛均在苏州进行，同时只有半决赛为两回合，其余比赛均为一场定胜负。
具体抽签结果如下：
上半区（苏州赛区）
广州恒大淘宝VS昆山FC
江苏苏宁VS梅州客家
天津泰达VS中甲梅州赛区第一名
上海上港VS长春亚泰
下半区（常州赛区）
北京中赫国安VS成都兴城
武汉卓尔VS泰州远大
广州富力VS中甲常州赛区第一名
山东鲁能泰山VS浙江绿城
